Casado con María Sevilla, el militar procreó dos hijos que nacieron en la capital del estado, donde prestaba sus servicios. Fue ascendido a Teniente Coronel y en una de sus campañas murió por enfermedad en el presidio militar de San Pablo, hoy Meoqui, el 5 de septiembre de 1831, según consta en el acta de defunción que se conserva en la presidencia municipal.
Los restos de Esteban Melgar descansan en la sección antigua del panteón municipal, donde se encuentran las tumbas del siglo XIX, y su lápida de cantera aún se conserva. Francisco González comentó que esta pieza labrada fue rescatada por el señor Atilano Meléndez, quien la exhibió durante años en un museo particular, hasta que sus familiares la entregaron de vuelta al municipio.
Uno de los dos hijos del Teniente Coronel fue el cadete Agustín Melgar Sevilla, que defendió el Castillo de Chapultepec a la edad de 18 años, durante la guerra contra Estados Unidos, el 13 de septiembre de 1847.
Agustín Melgar cayó muerto durante la gesta heroica junto con sus compañeros cadetes Juan Escutia, Juan de la Barrera, Fernando Montes de Oca, Vicente Suárez y Francisco Márquez, cuyos cuerpos reposan en un hemiciclo erigido a orillas del bosque de Chapultepec.